処方箋の上限日数の根拠「保険医療機関及び保険医療養担当規則」を見付けました。
第二十条（診療の具体的方針）
二　投薬
ヘ　投薬量は、予見することができる必要期間に従つたものでなければならない。この場合において、厚生労働大臣が定める内服薬及び外用薬については当該厚生労働大臣が定める内服薬及び外用薬ごとに一回十四日分、三十日分又は九十日分を限度とする。
https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=332M50000100015
処方箋の上限日数が90日であることは慣例的なものだと思っていたのですが、療養担当規則に明記されていました。